「스토리 모드」에서는, 가디언이 된지 얼마 안된 플레이어가,GRM사의 시작 캐스트 「비비안」을 파트너로 삼아, 콜로니내에서 발생한 가드 머셔너리의 폭주 사건의 해명을 하게 된다 .그리고, 그 과정에서 「잔류SEED」의 수수께끼에 조우하게 된다.
　이야기의 발생시기는,Episode1의 「PSU」와 Episode2의 「PSU 일미나스의 야망」의 사이가 되어, 스토리는 시리즈
처음이 되는 멀티 엔딩 형식으로 그려진다.

　한편 「멀티 모드」는, 「스토리 모드」와 같은 캐릭터로 다인 플레이를 즐길 수 있는 퀘스트 클리어형의 게임 모드.파티를 결성하면, 파티 리더의 전투 타입에 의해서 드롭 아이템의 경향이 변화해, 드롭 한 레어 아이템은 전원에게 분배된다.덧붙여 입수 아이템이나 획득 경험치 등은 양모드로 공용된다.

본작에는,PSP의 인프라스트럭쳐 모드를 사용해 「판타시스타포터블 다운로드 컨텐츠」에 접속해서, 다른 하드에서 서비스중인 「PSU」 「PSU 이르미나스의 야망」과의 네트워크 연동기능을 이용할 수 있다.
　이 네트워크 연동기능으로서는, 「PSU」 「PSU 일미나스의 야망」으로 작성한 캐릭터 데이터의 임포트와, 「PSU 일미나스의 야망」과의 연동 미션등이 준비된다